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AiiDA及aiida-quantumespresso基本介绍及使用
作者:PorYoung 原始文档:https://static.poryoung.cn/aiida/ 发布时间:2020年10月 Basic Tutorial and Simple Examples for Aiida Official Websites Aiida Miniconda aiida-quantumespresso docs Aiida installation MiniConda Installation Download Miniconda Miniconda installation pakage https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ Install conda # the `xxx` is version code bash ./Miniconda-[xxx].sh Reboot shell Conda usage 配置清华(其他)源 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --set show_channel_urls yes 创建虚拟环境 conda create -n [env_name] python=[python version] 激活/进入虚拟环境 conda activate [env_name] 退出虚拟环境 conda deactivate Install Aiida Use conda to install Aiida(Optional)(见aiida文档) conda create -n aiida -c conda-forge python=3.7 aiida-core aiida-core.services pip conda activate aiida conda deactivate Use conda to create Python vitrual env,and use pipto install aiida(Optional) # for example conda create -n aiida python=3.8 conda activate aiida pip install aiida-core Prerequisites Installation # you may try `apt update` in advance # if generate `update error message`, try change a open source mirror sudo apt-get install postgresql postgresql-server-dev-all postgresql-client sudo apt-get install rabbitmq-server sudo rabbitmqctl status Setting up the installation # For maximum customizability, one can use verdi setup verdi quicksetup success info like this Success: created new profile `a`. Info: migrating the database.…
VSCode配置Fortran环境
VsCode Fortran Settings Modern Fortran [Miguel Carvajal] Fortran highlight plugin. C/C++ for Visual Studio Code [Microsoft] C/C++ debug plugin also supports fortran. Toggle debug and modify the example launch.json and tasks.json files. Makefile Tools [Microsoft, optional] You can set make command in tasks.json or use this plugin to compile make project. // vscode settings { "makefile.launchConfigurations": [ { "cwd": "/home/user/project", "binaryPath": "/home/user/project/bin/program", "binaryArgs": [] } ] } Here is a example for C/C++ make project. Directory tree - bin -- main - src -- main.cpp -- module.cpp -- header.h - Makefile Makefile LINK = @echo linking $@ && g++ GCC = @echo compiling $@ && g++ GC = @echo compiling $@ && gcc AR = @echo generating static library $@ && ar crv FLAGS = -g -DDEBUG -W -Wall -fPIC GCCFLAGS = DEFINES = HEADER = -I./ LIBS = LINKFLAGS = BIN_PATH = bin SRC = $(wildcard src/*.cpp) INCLUDES = include TARGET = main OBJECT = $(SRC:%.cpp=%.o) .SUFFIXES: .cpp .c .cpp.o: $(GCC) -c $(HEADER) $(FLAGS) $(GCCFLAGS) -fpermissive -o $@ #html#lt; .c.o: $(GC) -c $(HEADER) $(FLAGS)…
FRP内网穿透 + Nginx代理 + 获取Real IP
FRP内网穿透 + Nginx代理 + 获取真实IP 以下仅列出关键配置 外网服务端配置 如果指定反代ip,frp会无法获取host,导致502错误,采用以下方案可以解决,但需要开放fprs https端口,并指定解析$host的DNS服务器 Nginx server { listen 443 ssl; server_name your.domain; ssl_certificate ./your.domain.cer; ssl_certificate_key ./your.domain.key; ssl_session_cache shared:SSL:1m; ssl_session_timeout 5m; server_tokens off; location / { resolver 223.5.5.5; # dns resolver server proxy_ssl_server_name on; proxy_set_header Host $host:$server_port; proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr; proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for; proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme; proxy_pass https://$host:6443; # frps https port, set $host insead of ip error_page 502 http://$host:6080/$request_uri; } } 参考issue #888: nginx https反向代理到frp https 报 502错误 参考frpc+frps+nginx反代+解析后端真实IP+双向https自动跳转+https证书配置的纯享版配置文件及操作指导 FRP Server # [common] is integral section [common] # A literal address or host name for IPv6 must be enclosed # in square brackets, as in "[::1]:80", "[ipv6-host]:http" or "[ipv6-host%zone]:80" bind_addr = 0.0.0.0 bind_port = 5443 # udp port used for kcp protocol, it can be same with 'bind_port' # if not set, kcp is disabled in frps kcp_bind_port = 5443 # if you want to configure or reload frps by dashboard, dashboard_port must be set dashboard_port = 8090 # dashboard assets directory(only for debug mode) dashboard_user = admin dashboard_pwd = admin # assets_dir = ./static vhost_http_port = 6080 vhost_https_port =…
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如何给阿里云ecs开启ipv6访问
原文地址 阿里云centos镜像默认是把ipv6给注释掉的,如果要开启的话需要使用IPv4 和 IPv6 双栈网络,这需要申请公测资格,不是很方便,这里我们使用tunnelbroker提供的ipv6隧道来使其支持ipv6访问。而学校电信是可以直接获取ipv6地址的,如果阿里云服务器可以ipv6访问的话就可以免费上网了。 1.开启ipv6访问 vi /etc/sysctl.conf 把下面这3行内容注释去掉,把1替换成0,变成下图 然后使用 sysctl -p 重新载入,就可以支持ipv6了。 2.通过tunnelbroker获得ipv6地址 进入https://tunnelbroker.net 注册账号,密码要复杂的不然通不过。 登陆后选择左下角的create regular tunnel, 输入自己ecs的ip地址 注意ecs不能禁ping,否则tunnelbroker拒绝建立隧道。 最下方点击create tunnel就建好了。 进入tunnel配置页面 注意:此处地址必须改为阿里云的内网地址,否则外网无法连接,我的内网是172.19开头的 复制在bash下直接运行就可以了。 使用ifconfig查看网络配置,可以看到ipv6地址已经有了 此时应该已经配置成功了,可以使用 wget -6 www.bobobk.com 测试下,如果成功返回内容那么就是ipv6配置成功了 3.修改nginx配置文件使网站可通过ipv6访问 注:如果使用cloudflare cdn的话是默认可以ipv6访问的 打开nginx配置文件,监听ipv6是[::]:80,[::]:443,修改后如下图 至此,所有配置都完成了。 总结 本文从注册tunnelbroker开启ipv6开始,一步一步设置阿里云ecs 的centos7服务器,最终实现linux网系统对ipv6网站的访问。
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MySql分类统计
表1记录物品信息,表2记录物品收藏信息,通过联表查询获取物品信息和物品收藏数。 ...
SSE:服务器发送事件
传统的网页都是浏览器向服务器“查询”数据,但是很多场合,最有效的方式是服务器向浏览器“发送”数据。比如,每当收到新的电子邮件,服务器就向浏览器发送一个“通知”,这要比浏览器按时向服务器查询(polling)更有效率,服务器发送事件(Server-Sent Events,简称SSE)就是为了解决这个问题,而提出的一种新API,部署在EventSource对象上。目前,除了IE,其他主流浏览器都支持。 转:SSE:服务器发送事件,使用长链接进行通讯
Ofiice中输入LaTeX公式
Ofiice已经支持直接输入LaTex公式,相应的设置方法可以参考官方文档。 同时介绍一个LaTex公式工具:识别手写和图片中的公式,转换成LaTex代码的神器Mathpix。 ...
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win10 TensorFlow GPU环境搭建记录
win10 TensorFlow GPU环境搭建记录 By PorYoung 2018-10-17 在CSDN查看 机器配置 win 10(64bit) GTX 960m 本次搭建所需文件 VS2017 CUDA cuDNN Anaconda 配置过程 安装(已安装则选择修改单个组件)并配置vs2017,添加如下组件: VC++ 2017版本 15.4 v14.11工具集 用于CMake的Visual C++工具 适用于桌面的VC++ 2015.3 V14.00(V140)工具集 首次安装CUDA时出现Visual Studio Integration无法安装,添加该组建后重新安装成功,不知道是不是受它的影响 安装Anaconda Anaconda包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项,功能十分强大 下载地址:https://www.anaconda.com/download/ 此处选择了Python 3.7版本 后来发现目前Tensorflow不支持pythob 3.7版本,在安装Tensorflow时会提示找不到包 此外,安装部分版本不兼容的CUDA、cuDNN也会导致安装失败 对应版本解决方案:https://github.com/fo40225/tensorflow-windows-wheel,查看大神编译的各种版本tensorflow的地址,此次配置的为蓝色框线内的版本,Anaconda可以在后续修改环境为python 3.6 安装 第一项可选可不选,不选的话需要自行配置环境变量 第一项未选需要配置的环境变量 安装CUDA(注意版本:exclamation:) 安装前注意 GTX 960m运算能力为5.0,本次选择最新v10.0 网上许多资料都表示存在tensorflow、CUDA和cuDNN版本不兼容无法支持等问题,未一一测试,均选择当时最新版本。比较谨慎的,可以参考相关博文。 查看显卡支持:https://developer.nvidia.com/cuda-gpus 选择对应版本下载:https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive 安装 选择自定义安装 一般不需要安装GeForce Experience 安装可能存在的问题 Visual Studio Intergration无法安装 > 可能的解决方法 > 1. 参考安装VS2017的过程,可能缺少组件 > 2. 参考教程:CUDA安装失败解决方法 下载cuDNN(注意版本:exclamation:),需要注册 下载链接:https://developer.nvidia.com/rdp/cudnn-download 此处选择和CUDA v10.0搭配的cudnn-10.0-windows10-x64-v7.3.1.20 解压到CUDA安装根目录,共三个文件夹:bin、include、lib 安装Tensorflow运行环境 打开Anaconda prompt 配置清华仓库镜,输入指令: conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --set show_channel_urls yes 创建运行环境,名称为tensorflow-gpu,python版本为3.6 conda create -n tensorflow-gpu python=3.6 名称作为与其他环境隔离的标志,版本可自行更换 激活并进入该环境 activate tensorflow-gpu 其他指令可以参考Anaconda教程 升级pip python -m pip install --upgrade pip 安装相关依赖包 如果确定所安装的版本兼容,可以直接安装 pip install --ignore-installed --upgrade tensorflow-gpu 如果使用的是编译的tensorflow版本则需要进入下载目录进行安装,如进入D:\Files目录,有从github下载的编译版本tensorflow_gpu-1.11.0-cp36-cp36m-win_amd64.whl,执行安装命令即可 pip install tensorflow_gpu-1.11.0-cp36-cp36m-win_amd64.whl 测试Tensorflow 进入环境,运行python 键入 import tensorflow as tf 未报错则安装成功 可能存在的问题 报DLL找不到模块,可能是版本选择的问题 其他问题尚未可知 参考文章 Win10下Tensorflow(GPU版)安装趟坑实录 Win10 64 位Tensorflow-gpu安装(VS2017+CUDA9.2+cuDNN7.1.4+python3.6.5) Win10+VS2017+CUDA9.2 安装调试笔记
【转】latex自动生成文献
[原文:latex自动生成文献](https://www.cnblogs.com/zhanglanyun/archive/2012/05/26/2519280.html) [作者博客](http://home.cnblogs.com/u/zhanglanyun/) BibTeX 是一个使用数据库的的方式来管理参考文献程序, 用于协调LaTeX的参考文献处理. BibTeX 文件的后缀名为 .bib . 先来看一个例子: @article{Gettys90, author = {Jim Gettys and Phil Karlton and Scott McGregor}, title = {The {X} Window System, Version 11}, journal = {Software Practice and Experience}, volume = {20}, number = {S2}, year = {1990}, abstract = {A technical overview of the X11 functionality. This is an update of the X10 TOG paper by Scheifler \& Gettys.} } 说明: 第一行@article 告诉 BibTeX 这是一个文章类型的参考文献. 还有其它格式, 例如 article, book, booklet, conference, inbook, incollection, inproceedings, manual, misc, mastersthesis, phdthesis, proceedings, techreport, unpublished 等等. 接下来的"Gettys90", 就是你在正文中引用这个条目的名称. 其它就是参考文献里面的具体内容啦. 在LaTeX中使用BibTeX 为了在 LaTeX 中使用BibTeX 数据库, 你必须先做下面三件事情: 1) 设置参考文献的类型 (bibliography style). 标准的为 plain: \bibliographystyle{plain} 其它的类型包括unsrt – 基本上跟 plain 类型一样, 除了参考文献的条目的编号是按照引用的顺序, 而不是按照作者的字母顺序. alpha – 类似于 plain 类型, 当参考文献的条目的编号基于作者名字和出版年份的顺序. abbrv – 缩写格式 . 2) 标记引用 (Make citations). 当你在文档中想使用引用时, 插入 LaTeX命令 \cite{引用文章名称} "引用文章名称" 就是前边定义@article后面的名称. 3) 告诉 LaTeX 生成参考文献列表 . 在 LaTeX 的结束前输入 \bibliography{bibfile} 这里bibfile 就是你的 BibTeX 数据库文件 bibfile.bib . 运行 BibTeX分为下面四步 1.用LaTeX编译你的 .tex 文件 , 这是生成一个 .aux 的文件, 这告诉BibTeX 将使用那些引用. 2.用BibTeX 编译 .bib 文件. 3.再次用LaTeX 编译你的 .tex 文件, 这个时候在文档中已经包含了参考文献, 但此时引用的编号可能不正确. 4.最后用 LaTeX 编译你的 .tex 文件, 如果一切顺利的话, 这是所有东西都已正常了.…